Прежде всего стОит определиться, виноват трансформатор или короткое замыкание во вторичных цепях питания магнетрона. Отключите вторичные цепи, включите и посмотрите, будет ли продолжать дымить трнас. Если перестанет - проблема не в трансформаторе, возможно пробит диод, конденсатор или проходные ёмкости в магнетроне.
