В Севастополе видимо принято платить при выходе с тех времен, когда этот транспорт назывался не кратко маршрутка, а маршрутное такси, а в такси платят в конечной точке маршрута.
Насчет того что удобнее, для пассажира имхо - плата при входе: зашел, сел, передал деньги и все, забыл об этом. А с точки зрения безопасности конечно правильнее платить при выходе, когда маршрутка не движется.
Правда в Севастополе проблема, что плата при выходе не только в маленьких маршрутках, но и в двудверных автобусиках, а народу там обычно битком, так что если стоишь сзади, то к передней двери не пробъешься, приходится выходить через заднюю, и идти к передней отдавать деньги водителю.